Este Parque Ecológico es, junto con Urdaibai, uno de los enclaves más importantes de toda la costa vasca para la avifauna. Son numerosas las especies de aves que se pueden observar en Plaiaundi, si bien es de destacar la cantidad de aves limícolas, palustres y marinas que utilizan la zona como lugar de reposo y alimentación durante sus movimientos migratorios, invernada y, en menor medida, durante la época de cría.
Su situación estratégica, entre el mar y la barrera montañosa de los Pirineos, contribuye sin duda a la riqueza de especies que lo frecuentan durante los pasos migratorios, lo que hace de Plaiaundi un lugar privilegiado para la observación de numerosas especies.
Además de las aves, otros grupos de animales encuentran aquí un hábitat adecuado, siendo destacable la presencia del Sapo Corredor, que cuenta con una población aislada del resto de su área de distribución.